从广义上说，施工合同的纠纷范围极大，很多工程问题都以条款形式存在于合同中，其纠纷自然也可算作合同纠纷。但笔者在此所说的合同纠纷并不是指具体的条款纠纷，而是笔者在处理建设工程合同过程中遭遇最多的、具有典型性意义的阴阳合同问题。
    所谓“阴阳合同”，并不是一个准确的法律术语，而是一个通俗的称谓，包含有两个及以上数量的合同。其中，阳合同系指发包人和承包人从形式上假装签订一个符合招投标规定的合同，专门用于在建设工程行政管理部门处备案；阴合同则是发包人和承包人私下签订并实际执行的合同，该合同的约定不完全符合招投标规定，且没有在建设工程行政管理部门处备案。之所以会出现这样的情况，最主要的原因是在于发包人和承包人能实施建设工程的前提是，必须签订符合法律规定和主管部门要求的合同并备案，但其双方或其中某方为追求利益最大化，不愿按备案合同的约定承担应尽的义务或成本，故另行签订合同来规避法律和主管部门的监督。而发包人和承包人在进行工程结算的过程中，不发生纠纷则已，一旦发生纠纷，具体以阳合同还是阴合同作为结算依据，就可能成为最大的争议。
对此，《招标投标法》第四十六条规定：“招标人和中标人不得再行订立背离合同实质性内容的其他协议”，而《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释》第二十一条规定：“当事人就同一建设工程另行订立的建设工程施工合同与经过备案的中标合同实质性内容不一致的，应当以备案的中标合同作为结算工程价款的根据”，同时我国合同法第五十二条规定：“有下列情形之一的，合同无效：（五）违反法律、行政法规的强制性规定”。上述规定提到的中标合同，系发包人和承包人将招、投标文件中规定的实质性内容，以及双方另行协商的非实质性内容，正式以合同形式予以签定，所形成的合同文本。该中标合同一经备案，即成为合同双方结算的依据。而发、承包人双方另行签订的违反中标合同实质性内容的阴合同，则被相关法律法规及司法解释持否定态度，甚至可认定其无效。但在同一工程建设中，是否只要存在两个不同的合同，就必然执行上述规定，单方面肯定备案合同，否定双方另行签订的未备案合同呢？笔者认为不尽然，需要分析具体情况：

    一、应以备案合同作为结算依据的情形
    以备案合同作为结算依据的情形较为常见，如案例1，政府为扶持某产业，给发包人提供了300元/立方米的工程建设补助，剩余建设资金由发包人自筹。发包人遂与承包人签订了500元/立方米的综合单价包干合同，并到主管部门处进行了合同备案。但同时，发包人与承包人另行签订了一补充协议，约定将每立方米包干造价控制在政府补助款范围内，即按300元/立方米执行。前期工程实施过程中，双方均按300元/立方米市场计算并支付工程进度款，但工程竣工结算时，却对工程质量和工程量的认定久决不下，发包人停止付款。承包人即起诉至法院，要求按备案合同约定的500元/立方米结算工程款。对于两份合同，法院最终支持了承包人的诉讼请求，以备案合同为依据进行了结算。
    从案例1可以看出，发包人签订补充协议的目的在于规避自己应当承担的建设资金筹集义务，以降低工程造价并可能影响到工程质量的代价，换取全额利用政府补助款建设工程工程的利己结果。该补充协议就是典型的阴合同，其具有以下特点：
   （1）从形式上说，阴合同没有按规定进行备案。也就是说，该阴合同只是发包人和承包人私下签订，而没有到建设行政主管部门进行备案登记。虽然双方的签字盖章使阴合同得以成立，但未经备案使该合同缺乏了工程合同管理的形式要件。
   （2）从内容上说，阴合同背离了招投标的实质性内容，即阴合同对于合同标的及其数量、质量、合同履行人、合同价款、合同履行期限、合同履行方式、违约行为等实质性内容的约定，与经备案登记的阳合同的内容不一致。这是违反《招标投标法》关于中标备案合同的实质内容不可违背的强制性规定的，可能导致全部阴合同或部分阴合同条款无效。
   （3）从签订动机上说，阴合同没有合理的变更原因，不符合招投标规定的变更原则，只是单纯的规避义务和监管。这也是相关行政和司法机关要坚决取缔和查处阴合同的原因。发包人和承包人通过签订阴合同，达到少交税款、侵占国家补助、获取非法利益等目的，不但扰乱了建设工程市场，也严重侵害了国家、社会、第三人甚至合同相对方的合法权益。这种动机和行为均是不合法、不合理、不诚信的，其产物阴合同自然不应作为结算依据。
笔者认为，对于工程建设合同进行备案，体现了法律对于工程建设市场的规范要求，通过建设行政管理部门的备案审查，防止发包人以优势地位迫使承包人签订不平等条约、或承包人凭借其丰富的经验在阴合同中给发包人设置欺诈陷阱等情形的出现。故此，就此类阴阳合同而言，应当以备案的阳合同为结算依据。

    二、应以未备案合同作为结算依据的情形
    以未备案合同作为结算依据的情形较为少见，应谨慎判定和运用。参见案例2，承包人以5000万元中标，但发包人为少纳税金，与承包人签订了工程造价为4000万元的合同并进行了备案，但双方实际仍按中标的5000万元造价另行签订了合同执行。后双方发生纠纷，发包人要求按备案的4000万元合同进行结算。 从案例2来说，姑且不论建设行政主管部门在备案时的审查责任，单就备案的4000万元合同而言，其已背离了中标时确定的5000万元中标价的实质性内容，违反了《招标投标法》的强制性规定，而双方另行签订的5000万元合同反而是符合招投标规定的，只是没有备案。如此一来，上述两个合同就呈现出以下态势：备案合同形式合法，内容不合法；未备案合同形式不合法，内容合法。
对此，笔者认为，备案合同虽然形式合法，但因其内容与招、投标文件确定的实质性内容不一致，违反了相关法律的禁止性规定，应属无效合同。而依据无效合同进行结算，显然是不符合法律规定，且不适宜的，故应当以未备案的合同作为结算依据。

    三、备案合同和未备案合同同时作为结算依据的情形
    此处所称的未备案合同并非阴合同，其产生基于以下两种情形：
   （1）备案合同对工程约定不清或未进行约定的，发包人和承包人另行签订合同进行补充约定。该种情形下，补充合同虽然未进行备案，但其并不背离备案合同的实质性内容。  
   （2）工程情况发生变更，原备案合同的约定已无法继续履行，故发包人和承包人签订合同就变更部分进行重新约定。该种情形下，补充合同虽然背离了备案合同的实质性内容，但其变更基于原合同无法履行这一前提，且具有合法的、充足的、合理的理由。
    在上述情形下，发包人和承包人另行签订的未备案合同，并不是基于谋私利、避责任的不纯动机，而是对于备案合同的有效完善和对工程实际情况变更的响应。对此，未备案合同中与备案合同中不一致之处应以未备案的合同为准，而未备案合同中没有约定的内容应以备案合同为准，这即是备案合同和未备案合同同时作为结算依据的情形。但从司法实践来看，并不是所有的法院都对此类未备案合同进行了认可。因此，从符合法律规定、规范市场秩序、维护工程参与人合法权益的角度来讲，发包人和承包人还是应当完善此类未备案合同的备案手续，避免因程序和形式的缺失带来的合同效力纠纷。